南城办事处位于菏泽市区南部，东邻东城办事处、开发区丹阳办事处，南接开发区佃户屯办事处、何楼办事处，西与西城办事处接壤，北与北城办事处毗邻，兖新铁路横贯东西，办事处驻地在解放大街398号。全处总面积12.5平方公里，南北最长距离4560米，东西最宽距离3200米，耕地面积933亩。