莲花镇地处望奎县的东北部，兴安山地和东北平原的过渡地带上。地形以丘陵、缓坡为主，地表起伏不大，它南接海丰镇，东连东升乡，北靠海伦，西与厢白乡接壤，西南、西北分别与灯塔惠七镇毗邻，全镇辖信五村、宽五东村、厢黄前二村、厢黄后二村、宽四村、宽五西村、信六村、厢白后头村、厢黄后三村9个行政村。

莲花镇是县域东北地区的经济、交通中心。莲花镇全镇土地面积202727亩，其中耕地面积149603亩，林地面积25154亩，牧草地面积556亩，水域面积1791亩，居民、工矿企业用地11280亩，交通用地4217亩，荒地面积9702亩。

莲花镇地上水域共有500亩，其中塘坝5座，面积300亩，自然沟200亩。均属季节性，每年夏季水量冲沛，秋冬季节水量减少，甚至断流。莲花区域地下水为地下潜水和承压水两层，上层潜水区在15米至20米之间，便于开采，下层为承压水，深度在50－90米之间，含水层、为305米厚的中细粒砂石层，这层水水量稳定，不易受污染。

莲花镇地处望奎县的北部低温多雨区，属北温带大陆性半湿润气候，年平均气候只有1.7度，无霜期126天左右，日照时间达2，680小时，积温2，520度，生长期内积温2，450度，年降水量500mm左右。